Zbadają warianty koronawirusa w regionie

Naukowcy z Laboratorium Genetycznego Gyncentrum przebadają 1500 próbek pochodzących od pacjentów z COVID-19, z których wyizolują i poddadzą pełnemu sekwencjonowaniu genom wirusa SARS-CoV-2. Przedsięwzięcie otrzymało wsparcie województwa - informuje Śląski Urząd Marszałkowski.

Sławomir Gruszka, rzecznik marszałka województwa śląskiego wylicza, że laboratorium otrzyma z funduszy unijnych 2,5 ml zł zakup sprzętu oraz adaptację pomieszczeń, w tym budowę obiektów kubaturowych. Po podpisaniu aneksu do umowy o dofinansowanie wartość całkowita projektu wyniesie ponad 5,2 mln zł.

Badania laboratoryjne wykażą też występowanie w próbkach innych patogenów, w tym wirusów grypy. To pierwsze tak dokładne i wieloparametrowe badanie populacji zamieszkującej konkretny rejon Polski.

- Będzie to najbardziej reprezentatywne badanie w skali całego kraju. Wyniki badań przeprowadzonych w Gyncentrum stanowić będą cenne źródło wiedzy na temat przebiegu, charakteru i dynamiki zakażeń wirusem SARS-CoV-2 na terenie Śląska – wyjaśnia Emilia Morawiec, diagnosta laboratoryjny Laboratorium Genetycznego Gyncentrum, koordynator projektu.

- Wiążemy duże nadzieje z rozpoczętym we współpracy z Laboratorium Genetycznym Gyncentrum projektem. Śląsk, jak powszechnie wiadomo, został intensywnie dotknięty zachorowaniami na COVID-19. Z całą pewnością wynika to z dużej liczby przeprowadzonych testów i charakterystyki zaludnienia terenu. Projekt badawczy realizowany przez Gyncentrum z międzynarodowym rozmachem to zatem duża szansa dla naszego regionu, aby dowiedzieć się więcej na ten temat – akcentuje marszałek województwa Jakub Chełstowski. 

W informacji prasowej czytamy, że środki na badania pochodzą m.in. z RPO Województwa Śląskiego. Projekt obejmujący sekwencjonowanie wariantów wirusa SARS-CoV-2 w populacji regionu śląskiego jest częścią programu Przeciwdziałanie rozprzestrzeniania się COVID-19 poprzez doposażenie laboratorium Gyncentrumw specjalistyczny sprzęt do automatycznej izolacji kwasów nukleinowych. Wartość dofinansowania przekroczy 4,5 mln zł. 

Doposażenie usprawni i przyspieszy obecnie prowadzone w laboratorium procesy diagnostyczne - zwiększy przepustowość oraz wykrywalność COVID-19. Zdolność realizacji testów wzrośnie z 5-6 tysięcy testów na dobę nawet do 12 tysięcy!

- Rozwój badań nie byłby możliwy bez tak znaczącego wsparcia – nie ma wątpliwości dr Anna Bednarska-Czerwińska, wiceprezes Gyncentrum i dyrektor ds. medycznych. 

Mimo że wirus SARS-CoV-2 mutuje wolniej niż inne wirusy np. grypy to, jak pokazują ostatnie wydarzenia z Wielkiej Brytanii, pojawianie się nowych odmian koronawirusa jest nieuniknione. Prawdopodobieństwo wykrycia różnych wariantów wirusa jest szczególnie wysokie w tak różnorodnej i dużej grupie, jaką reprezentują mieszkańcy Śląska. 

Uzyskane w toku badania dane umożliwią identyfikację ewentualnych nowo powstałych genotypów wirusa SARS-CoV-2 w populacji województwa śląskiego oraz ustalenie przebiegu COVID-19 na badanym terenie. 

Z próbek wymazowych, pochodzących od pacjentów z rozpoznanym COVID-19, eksperci Gyncentrum wyizolują, a następnie szczegółowo przeanalizują genom wirusa SARS-CoV-2. Pozwoli to określić liczbę wariantów genetycznych wirusa oraz ocenić stopień jego zmienności w badanej populacji. W projekcie zbadamy dokładną sekwencję, czyli budowę - cegiełka po cegiełce, nukleotyd po nukleotydzie, materiału genetycznego wirusa SARS-CoV-2. Poznanie tych sekwencji, być może różnych, bo izolowanych od pacjentów z różnych obszarów regionu z dodatnim wynikiem, pozwoli porównać sekwencję wyizolowanego od nich wirusa, z sekwencją referencyjną, czyli wyjściową. 

- W zależności od ilości i rozległości zmian w tej budowie będziemy mogli wnioskować, skąd dotarły na teren Śląska różne warianty wirusa, a także, w jaki sposób oraz z jakimi sekwencjami się wymieszały - tłumaczy Adam Pudełko – diagnosta laboratoryjny

Określenie wariantów genetycznych SARS-CoV-2 dla populacji Śląska umożliwi również w dalszych etapach ocenę skuteczności dostępnych na rynku  szczepionek  przeciwko SARS-CoV-2 dla danej odmiany wirusa. 

- Na podstawie oceny sekwencji wirusa możemy wnioskować, czy odnotowana mutacja może mieć pośredni wpływ na powodzenie szczepienia w badanej grupie. Ponadto będzie to cenna wiedza w zakresie oceny tempa pojawiania się nowych wariantów wirusa, być może warunkująca modyfikację zaproponowanych szczepionek przeciwko SARS-CoV-2 - dodaje Emilia Morawiec.

Projekt zakłada również sekwencjonowanie współwystępujących w badanym materiale, około 40 innych patogenów wywołujących zakażenia układu oddechowego, w tym wirusów grypy A i B wraz z ich wariantami, ludzkich koronawirusów, adenowirusów, rinowirusów, wirusów paragrypy czy RSV. 

- Zakładamy, że w okresie wiosennym pojawią się sezonowe wirusy np. grypy, którymi mogą zakazić się pacjenci covidowi. To znaczy, że w ich organizmie, oprócz SARS-CoV-2, może być obecny w tym samym czasie inny wirus lub nawet wirusy. Prowadzone analizy dadzą nam odpowiedź na pytanie – czy i jaki wpływ na przebieg COVID-19 mają towarzyszące infekcje wirusowe tzw. koinfekcje. Sekwencjonowanie innych wirusów, występujących w materiale pacjenta, będzie stanowić także cenną informację kliniczną dla medyków, dając im możliwość szerszego spojrzenia na toczącą się w organizmie pacjenta infekcję – mówi Adam Pudełko. 

Ostatnim etapem projektu będzie poszukiwanie zależności pomiędzy występowaniem określonego genotypu wirusa SARS-CoV-2 i/lub współwystępowaniem koinfekcji wirusowych, stopniem aktywacji układu odpornościowego oraz  przebiegiem klinicznym zakażenia. 

- Finalnie zweryfikujemy, jak wyglądają parametry kliniczne i wyniki badań pacjenta w zależności od wariantu SARS-CoV-2, jakim się zakaził oraz czy przebieg infekcji jest zależny od występowania ewentualnych innych wirusów u tego pacjenta – tłumaczy Emilia Morawiec i dodaje: – Przy współpracy z klinicystami efektem badań może być ustalenie algorytmu, pozwalającego leczyć pacjentów szybciej i bardziej wydajnie, w zależności od wariantu wirusa, czy identyfikacji ewentualnej koinfekcji. 

Na podstawie otrzymanych wyników analiz sekwencyjnych i analiz panelu badań dodatkowych możliwa będzie ocena stopnia „ciężkości” przebiegu koinfekcji oraz objawów klinicznych, wynikających z ewentualnej mozaiki patogenów wirusowych, które zainfekowały badany organizm.